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　　轉(zhuǎn)座子是構(gòu)成基因組重復(fù)序列的主要成分。越來(lái)越多的研究表明，轉(zhuǎn)座子在決定基因組大小、基因組結(jié)構(gòu)變異、序列突變、基因丟失、基因融合和新編碼基因的起源方面，都具有重要的生物學(xué)意義。LTR類轉(zhuǎn)座子是植物基因組中占比最高的重復(fù)序列類型，它是逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的一種。然而目前大部分軟件對(duì)LTR類轉(zhuǎn)座子僅停留在超科水平（superfamily level），沒(méi)有提供更細(xì)致的分類，無(wú)法反映LTR類轉(zhuǎn)座子的多樣性和進(jìn)化關(guān)系。 

　　基于此，研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)出LTR類轉(zhuǎn)座子更加準(zhǔn)確、快速分類的新方法，命名為TEsorter。該方法是以已經(jīng)分類的保守蛋白結(jié)構(gòu)域（數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源REXdb或GyDB）為數(shù)據(jù)基礎(chǔ)，采用hidden Markov models (HMMs)方法，對(duì)玉米和水稻基因組中轉(zhuǎn)座子，尤其是LTR類轉(zhuǎn)座子進(jìn)行了準(zhǔn)確分類。且大部分LTR類轉(zhuǎn)座子可達(dá)到分支水平（clade level），分支水平的分類結(jié)果和基于系統(tǒng)發(fā)育樹的聚類高度一致。同時(shí)，通過(guò)對(duì)比現(xiàn)在常用的5個(gè)轉(zhuǎn)座子分類軟件（RepeatModeler, DeepTE, TERL, LTR_retriever 和 LTRclassifier），TEsorter不論在準(zhǔn)確率還是運(yùn)算速度方面，都具有明顯優(yōu)勢(shì)。研究成果以TEsorter: an accurate and fast method to classify LTR-retrotransposons in plant genomes為題在線發(fā)表于園藝學(xué)Top 1期刊、中科院1區(qū)期刊Horticulture Research上。 

　　本研究在云南省基礎(chǔ)研究專項(xiàng)重大項(xiàng)目(202101BC070003)、云南省中青年學(xué)術(shù)與技術(shù)帶頭人(2018HB066)的支持下，由中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所極小種群野生植物綜合保護(hù)研究大團(tuán)隊(duì)馬永鵬專題組、源宜基因張仁綱研究團(tuán)隊(duì)和愛(ài)荷華州立大學(xué)區(qū)樹俊研究團(tuán)隊(duì)合作完成。 

　　文章鏈接 

　　圖 (a) TEsorter計(jì)算流程; (b) TEsorter與目前5個(gè)常用轉(zhuǎn)座子分類軟件(RepeatModeler, DeepTE, TERL, LTR_retriever 和 LTRclassifier)在敏感度、準(zhǔn)確率及計(jì)算時(shí)間等參數(shù)方面的比較；(c-f ) TEsorter分類結(jié)果和基于系統(tǒng)發(fā)育方法對(duì)水稻和玉米中的LTR類轉(zhuǎn)座子分類的一致性比較。